V rámci periodiky zániku středověkých obcí na Moravě, provázených v 15. a na počátku 16. století chaosem a nepořádky, obec pustne. Nově byla osídlena v 1. polovině 16. století. Těžké období prožívají obyvatelé vsi v letech 1593 až 1606, kdy je obec drancována a rekvindována ve válce mezi Habsburky a Osmanskou říší. Útok, plenění a odvlékání lidí zažívá obec v roce 1605. Vypálen je také dům novokřtěnců. Císařská vojska vypalují obec v roce 1619. Ves trpí rabováním vojsk obou válčících stran.
Vzhledem k převládající krytině střech slaměnými došky je obec v pozdější době sužována častými ničivými požáry. Kromě 5 domů lehly Prušánky popelem v roce 1842.
Prušánkám se nevyhnuly ani takové katastrofy, jaké představovaly epidemie nemocí. V době rakousko-pruské války vypukla ve vsi epidemie cholery. V roce 1866 jí podlehlo 106 obětí, z toho 33 dětí. Opětovně nemoc propukla v roce 1873, kdy zemřelo 33 občanů.
Údaje jsou čerpány z knihy Prušánky - vinařská obec Podluží